معارف قرآن مجموعه کتابهایی است که در آن حضرت استاد به دسته بندی موضوعی آیات قرآن کریم پرداخته اند که این مجموعه از جمله آثار ابتکاری و بدیع ایشان محسوب می شود. حضرت استاد در آغاز ضمن تأکید بر لزوم گنجاندن درس تفسیر در مجموعه دروس اصلی حوزه علمیه و تقدیر از مرحوم علامه طباطبایی در مقام پیشگام و پرچمدار تدریس و نگارش تفسیر در حوزه ارائه یک دوره کامل تفسیر را به منزله متن درسی نامیسر می شمارند و همچنین انتخاب بخشهایی از تفسیر قرآن را نیز ناکافی و غیر مفید می دانند و دسته بندی موضوعی آیات را تنها راه ممکن و مفید می بینند که این دسته بندی میباید با نظم منطقی و بیانی موجز و متناسب با کتاب درسی عرضه گردد.

در زمینه دسته بندی موضوعی آیات قرآن کریم نیز استاد طرحی بدیع و ابتکاری را پیشنهاد می کنند که در قیاس با طرحهای سابق که آیات را بر محور عقاید، احکام و اخلاق یا بر محور انسان و ابعاد وجودی او دسته بندی میکردند، امتیازات چشم گیری دارد. در این طرح موضوعات آیات مورد بحث بر محور «الله» که هستی بخش همه كائنات است دسته بندی شده و با الهام از آیه شریفه انزل مِنَ السَّمَاءِ مَاءً فَسَالَتْ أَوْدِيَةٌ بقدرها… بحث از نقطه معینی آغاز میگردد و پس از تکمیل آن در هر مرحله به ترتیب مراحل پایین تر – که در طول یکدیگرند – میرسد و در نتیجه ارتباط منطقی میان هر مبحث با مبحث قبل برقرار میشود بر این اساس موضوعات مورد بحث در دروس تفسیر موضوعی حضرت استاد به ترتیب ذیل است:

۱ خداشناسی این بخش با بحث در زمینه شناخت خداوند آغاز می شود و به بحث درباره کلیات و تفاصیل افعال الهی خاتمه می یابد.

جهان شناسی خلقت جهان هستی یکی از افعال الهی است و از این جهت مباحث این بخش با بخش قبلی ارتباط مییابد و به اینجا میرسد که خلقت همه پدیده های جهان مقدم بر خلقت «انسان» به منزله شریف ترین مخلوق خداوند بوده است.

انسان شناسی در این بخش اثبات میشود که انسان موجودی تک بعدی نبوده زندگی او در دنیا مقدمه زندگی اخروی است و او در این سیر نیازمند راه و طریق وصول به کمال و جاودانگی است.