مراقبات اخلاق توحیدی 1 شامل دو فصل و دو اربعین است. در ابتدای فصل اول، مقدمه‌ای پیرامون «یقظه» بیان گردیده و سپس محتوای اربعین آمده است؛ و در فصل دوم، مقدمه‌ای درباره «توبه» و اربعین مربوط به آن آورده شده است.

محتوای اربعین اول شامل: یقظه و پذیرش توبه از سوی خدای متعال و محتوای اربعین دوم شامل: زمان توبه، ماهیت توبه، ارکان توبه و آثار خاص توبه می‌باشد.

همچنین محتوای اربعینی در هر روز بدین ترتیب است:

آیات نورانی و شفابخش قرآن کریم؛

سخنان گهربار حضرات اهل‌بیت؟عهم؟؛

کلام بزرگان علم و معرفت؛

داستان‌های عبرت‌آموز؛

اشعاری از شعرای مشهور؛

ادعیه صادره از لسان مبارک ائمه اطهار؟عهم؟.

در واقع، در این اثر معجونی گوارا از ثقلین و کلمات علمای ربانی به همراه حکایاتی سودمند و اشاراتی دلنشین از سیره مردان علم و عمل فراهم شده است.