برای سیستم زندان اسرائیل، یحیی سنوار یک معما بود. او با اسیرکنندگانش به خشونت رفتار نمی‌کرد. طالب احترام بود و اغلب آن را دریافت می‌کرد. یکی از مقامات زندان بعدا گفته بود: «ما این احساس را داشتیم که یحیی رئیس واقعی زندان است». او نه تنها ما بین اعضای حماس؛، بلکه در بین زندانیان همسو یا حتی جناح رقیب نیز مرجعیت اخلاقی داشت.

بیش از هر چیز، دوران زندان، برای سنوار فرصت طلایی تفکر بود. او غرق در متون عبری، روزنامه‌های اسرائیلی و مطالعات جامعۀ اسرائیل بود. او زبان عبری را به طور کامل آموخت. نه برای شناخت دشمن، بلکه او می‌خواست مانند آنها فکر کند. او سرگذشت و زندگی‌نامه‌های ژنرال‌های اسرائیلی، فیلسوفان سیاسی و رهبران موساد را خواند. به برنامه‌های رادیویی گوش می‌کرد و گاهی اوقات، بهتر از تحلیل‌گران سیاسی اسرائیل، از سیاستمداران‌شان نقل قول می‎کرد. در طول این سالها بود که ذهن استراتژیک او به طور قابل توجهی تیز شده بود.