اساس کار تفسیر المیزان ، به حکم «إن القرآن یفسر بعضه بعضاً»،بر قاعدهٔ «تفسیر قرآن به قرآن» است. بدین معنا که معیار اول برای تفسیر قرآن، خود قرآن است؛ در جایی که آیات محکم قرآنی می‌تواند دیگر آیات دشوار و متشابه را تفسیر و تبیین نماید، اسباب نزول، آراء مفسران و روایات منقول در درجهٔ دوم اعتبار قرار می‌گیرد. علامه طباطبایی معتقد است، وقتی قرآن مدعی است که «تبیاناً لکل شیء»(روشنگر هر چیز) است، چطور ممکن است برای بیان مقاصد خود محتاج به غیر خود باشد. هیچ مطلب مبهمی در قرآن وجود ندارد تا مجبور باشیم قرآن را به کمک غیر قرآن بشناسیم؛ بلکه قرآن را باید به خود قرآن شناخت همان‌گونه که نور را باید با نور دید.

علامه طباطبایی در بخشی از مقدمهٔ تفسیر المیزان می‌نویسد:قرآن خود را تبیان کل شی ء می‌داند؛ آن‌وقت چگونه ممکن است که «بیان» خودش نباشد! قرآن خود را هدایت مردم و بیناتی از هدی، و جدا سازندهٔ حق از باطل معرفی نموده، می‌فرماید: «هدی للناس، و بینات من الهدی و الفرقان»، آن‌وقت چطور ممکن است هدایت، بینه، فرقان و نور مردم در تمامی حوائج زندگی‌شان باشد، ولی در ضروری‌ترین حاجت‌شان که فهم خود قرآن است، نه هدایت باشد، و نه تبیان، و نه فرمان، و نه نور؟! قرآن به تمامی افرادی که در راه خدا مجاهدت می‌کنند مژده داده که ایشان را به راه‌های خود هدایت می‌کند، و فرموده: «و الذین جاهدوا فینا لنهدینهم سبلنا»،آن‌وقت در مهمترین جهادشان که همانا فهم کلام پروردگارشان است، ایشان را هدایت نکند و به فرضیات علمی احاله کند؟