مجموعه تطهیر با جاری قرآن، تفسیر تعدادی از سوره‌های قرآن با روشی نوین است که در سه جلد به چاپ رسیده است.

استاد علی صفایی در مقدمه این جلد، ابتدا سرگذشت خود با قرآن را طرح کرده و از بستر مسیر طی‌شده، به روشی اشاره دارد که باید با آن روش با قرآن برخورد کرد؛ روشی که بار اصلی بیان آن، بر دوش کتاب روش برداشت از قرآن است. سپس به تفسیر سوره‌های «ناس و فلق»، «توحید»، «مسد»، «نصر»، «کافرون»، «کوثر»، «همزه»، «فیل و ایلاف» و «ماعون» از جزء سی با همین روش می‌پردازد.

تکمیلی: تطهیر با جاری قرآن پیش از آنکه تفسیر باشد، جریان وجودی ماست؛ چراکه ما هر اندازه جاری شویم و به طهارت برسیم، حقیقت قرآن برایمان آشکارتر‌ می‌شود. در این مجموعه مؤلف سعی کرده با توجه به نارسایی و جواب‌گو نبودن روش‌های «مجموعه‌ای» و «موضوعی» و «واژه‌ای» در تفسیر قرآن،
اعم از روش‌های جدید و قدیم، و همچنین ناقص بودن روش‌های کار با قرآن با توجه به «شأن نزول» و «تاریخ نزول»، و با توجه به «تفاسیر و اقوال» و «تداعی معانی» و «جریان عمل»، راه و روشی نو درباره کار با قرآن و تفسیر آن ارائه دهد.