واقعیت وضعیت الحادی معاصر مستلزم برخوردی است که با اثبات وجود خدا کاملاً متفاوت است، بلکه باید شکلی جامع و ریشه ای داشته باشد که همه عوامل منتهی به آن اعم از جدید و قدیم را در خود جای دهد. تبدیل آن به درمانی که موجب استحکام علمی و جامعیت و نرمی در سبک و ملایمت را در هم می آمیزد کار سختی می نممود.
به همین دلیل، این کتاب قرار بود آغازی برای یافتن چنین درمانی باشد، زیرا من سعی کردم با حفظ استحکام علمی و اجتناب از کاهش مشکلات و راه‌حل‌ها برای فرمول‌های شکننده یا ساده‌لوحانه، آن را ساده و روشن کنم.
کتاب شامل سه فصل و یک خاتمه است:
فصل اول به دلایل کلی هر مقام فکری می پردازد و شامل دو بخش است:
اول اصول کلی که به دو بخش قابل استفاده و غیرقابل استفاده در فرآیند کسب علم صحیح تقسیم می شود.
دوم ثمره تقسیم اصول علم و آثار مهم و خطرناک آن است.
فصل دوم به دلایل موضع الحادی می پردازد و شامل چهار بخش است:
اول، دلایل ترک اعتقاد به منشأ وجود خدا.
دوم، دلایل نفی نیاز طبیعت به مدیریت الهی.
سوم، دلایل انکار توانایی یا نیاز انسان به مدیریت الهی.
چهارم، دلایل نفی مستقیم رابطه انفاق بین خدا از یک سو و طبیعت و انسان از سوی دیگر.
فصل سوم به کلیدهای درمان علل الحاد پس از دسته بندی آنها بر اساس خاستگاههای شناختی صرفاً تجربی و روانشناختی آنها می پردازد و شامل سه بخش است: بخش اول در کلیدهای درمان علل ذهنی و فلسفی است که شامل چهار بخش است. (اول: در تصحیح نقص مربوط به بخشهای مسائل و واقعیت برنامه درسی و دوم: تصحیح نقصی که موجب تشکیک می شود در ابتداییات ذهنی و سوم: تشخیص احکام ذهنی از وهم و چهارم: رابطه عقل، اخلاق و دین)،
مبحث دوم درمان علل به اصطلاح «علمی و تجربی» و مبحث سوم در کلید درمان علل روانی است.
نتیجه گیری که شامل خلاصه ای از سیر تحقیق و مهم ترین نتایجی است که مولف به آن رسیده است، با استخراج مهمترین هشدارها و توصیه هایی که پژوهش منجر به آن شده است.
إنّ واقع الحالة الإلحادية المعاصرة يفرض القيام بمعالجة تختلف تماماً عن مجرد إقامة الأدلة على وجود الله، بل لابد أن تتخذ شكلاً شاملاً وجذرياً يستوعب كل العوامل المؤدية إليها المتجددة منها والجديدة مشفوعاً بالعمل الجاد على جعلها معالجة تجمع بين المتانة العلمية والشمولية من جهة والسلاسة في الأسلوب والرفق في الخطاب من جهة أخرى.

ولأجل ذلك كان هذا الكتاب ليشكل بداية الطريق نحو إيجاد معالجة كهذه، إذ سعيت جاهداً للتبسيط والتوضيح مع الحفاظ على المتانة العلمية وتجنب الاختزال للمشاكل والحلول في صيغ هشة أو ساذجة.

وقد اشتمل الكتاب على ثلاثة فصول وخاتمة:

الفصل الأوّل في الأسباب العامّة لأيّ موقفٍ فكريٍّ، وفيه مبحثان: الأول المبادئ العامّة والّتي تنقسم إلى قسمين، قسمٍ صالح للاستعمال وقسمٍ غير صالح للاستعمال في عمليّة تحصيل المعرفة الصحيحة. والثاني في ثمرة تقسيم مبادئ المعرفة وآثاره المهمّة والخطيرة.
الفصل الثاني في الأسباب الخاصّة بالموقف الإلحاديّ، وفيه أربعة مباحث: الأوّل، أسباب ترك الاعتقاد بأصل وجود إلهٍ. الثاني، أسباب نفي حاجة الطبيعة للتدبير الإلهيّ. الثالث، أسباب نفي قابليّة الإنسان أو حاجته للتدبير الإلهيّ. الرابع، أسباب النفي المباشر للعلاقة التدبيريّة بين الإله من جهة والطبيعة والإنسان من جهة أخرى.
الفصل الثالث في مفاتيح العلاج لأسباب الإلحاد بعد تصنيفها بحسب مناشئها المعرفيّة عقليًّا صرفًا وتجريبيًّا ونفسيًّا، فكان فيه ثلاثة مباحث: الأوّل في مفاتيح علاج الأسباب العقليّة والفلسفيّة قد جعلتها أربعة (الأول: في تصحيح الخلل المتعلق بأقسام القضايا وحقيقة المنهج، والثاني: تصحيح الخلل الموجب للتشكيك في الأوليات العقلية، والثالث: تمييز الأحكام العقلية عن الوهمية، والرابع: العلاقة بين العقل والأخلاق والدين)، والمبحث الثاني علاج ما يسمى بالأسباب “العلميّة والتجريبيّة”، والمبحث الثالث في مفتاح علاج الأسباب النفسيّة.
الخاتمة، وفيها تلخيص لمسار البحث وأهمّ النتائج الّتي توصّل إليها، مع استخلاص أهمّ التنبيهات والتوصيات الّتي قاد إليها البحث.

وفي النهاية فإن القارئ الواعي بحقيقة المشكلة وخصوصيات الواقع الذي نعيشه هو الحكم الوحيد على مقدار نجاحي في إنجاز هذه المهمة.