کلارا تمام عمر دوازده‌ساله‌اش را همراه مادرش در عمارت فرسوده‌ی گلندوئر (متعلق به بیوه‌ی یک شعبده‌باز) زندگی کرده است. عمارتی با پرنده‌خانه‌ای بزرگ و پر از پرندگانی عجیب و غریب و رازهایی بزرگ و مبهم. پس از مرگ خانم گلندوئر، کلارا رازهایی را درباره‌ی خانواده‌ی گلندوئر و گذشته‌ی خودش کشف می‌کند. خانواده‌ی گلندوئر فاجعه‌ی هولناکی را از سر گذرانده بودند: فرزاندان‌شان را ربوده و غرق کرده بودند. کمی بعد هم پدرشان جرج گلندوئر، جادوگر مشهور را به قتل فرزندانش متهم کرده بودند.
کلارا هر چه بیشتر در حوادث ترسناک فرو می‌رود، برای یافتن حقیقت مشتاق‌تر و محتاج‌تر می‌شود. او تلاش می‌کند تا همراه با حل این معمای قتل، معمای بزرگ زندگی خودش را هم حل کند.