«ناگازاکی» با روایت ماجرای مرد پنجاه و شش ساله‌ای به نام «شیمورا»، کارمند اداره هواشناسی آغاز می‌شود. او مجرد است و تنها هم زندگی می‌کند. اما شیمورا از زمانی به بعد کم‌کم احساس می‌کند بعضی لوازم خانه‌اش خیلی کم جابه‌جا شده‌اند؛ ظرف ماست داخل یخچال اندکی از جایی که دیروز گذاشته بود، تکان خورده است. وقتی ظرف محتوی آبمیوه‌ای که در یخچال بود را با خط‌کش اندازه می‌گیرد متوجه می‌شود از نوشیدنی داخلش که موقع رفتن پانزده سانت بود، حالا تنها هشت سانتیمتر باقی مانده است!

شیمورا دچار تشویق می‌شود، از یخچالش عکس می‌گیرد، فاصله اشیاء و حجم‌شان را اندازه می‌گیرد و در دفترچه‌ای می‌نویسد. به خودش شک می‌کند. آیا ذهنش دچار این وسواس شده است؟ او سرانجام تصمیم می‌گیرد به این وسواس‌ها خاتمه دهد؛ شیمورا دوربینی در آشپزخانه نصب می‌کند تا وقتی سر کار است، بتواند در مربع گوشه کادر مونیتور هر آنچه را در آشپزخانه می‌گذرد، ببیند. روز اول، شیمورا تنها احساس می‌کند در فاصله رفتن و آمدنش بطری آب روی کابینت کمی جابه‌جا شده است. اما روز دوم تصویر زنی در کادر مربع گوشه مونیتورش ظاهر می‌شود؛ زنی که آب را می‌جوشاند تا برای خود کمی چای بنوشد…