سال‌هاست كه نزاع علم كه محصول عقل است و دین كه رهاورد وحی است، اذهان بسیاری را به خود مشغول داشته است. این نزاع محصول تصوری ناصواب از نسبت علم و دین، و بر این اندیشه استوار است كه علم در مقابل دین است و آنچه را دین می گوید، علم میتواند نفی كند. اموری نیز وجود دارد كه علم آن را اثبات و دین آن را انكار میكند. كتاب ارزشمند و علمی «منزلت عقل در هندسهٴ معرفت دینی» ضمن تبیین و تشریح مبانی عمیق این نظریه، به این امر توجه می دهد كه عقل در برابر نقل است نه دین، و نه تنها عقل و دین با هم تعارض ندارند، بلكه دین امر جامعی است كه عقل و نقل تحت پوشش آن و رابط میان دین و جامعهٴ انسانی اند. از پیامدهای ارزشمند این نظریه، نفی حاكمیت سكولاریسم علمی و جانشینی الهیات بر تمامی علوم است.
این اثر وزین در دو بخش و هشت فصل به منزلت عقل، شأن عقل در قلمرو دین، نسبت عقل و نقل در قرآن كریم، آثار و نتایج هماهنگی و همتایی عقل و نقل، اسلامی كردن علوم و دانشگاه‌ها، تأثیر همگانی عقل و نقل در قلمرو علوم اسلامی، نسبت كلام و فلسفه با دین، قلمرو دین و مسئله خاتمیت، مسئله تفكیك و… می پردازد.
این کتاب علی رغم عنوان پیچیده و ثقیلی که دارد به تبیین ارتباط علم و دین و به خصوص ارتباط علوم دانشگاهی و مفاهیم دینی می پردازد و پاسخی مناسب به این سوال می دهد که آیا اصولاً علم غیر اسلامی داریم یا نه؟
در ادامه، استاد جوادی آملی با توجه به مسائل فوق، به مسأله مهم و ارزشمند “اسلامی شدن دانشگاه ها” پرداخته و راه کارهایی برای این موضوع ارائه داده اند.

کتاب “منزلت عقل در هندسه معرفت دینی” دارای 2 بخش است که بخش اول با عنوان منزلت عقل دارای 4 فصل است . فصل اول با عنوان تحلیل مفاهیم پایه مسائلی چون مراد از دین، مراد از عقل و وحی و نقل می پردازد .فصل دوم با عنوان شأن عقل در قلمرو دین موضوعاتی چون عقل و بعد هستی شناختی دین، عقول کامله و بعد هستی شناختی دین، عقل و بعد معرفت شناختی دین، محدودیتهای ادراکی عقل در حوزه دین را بررسی می کند.فصل سوم با عنوان نسبت عقل و نقل در قرآن و فصل چهارم با عنوان تعارض عقل و نقل اختصاص دارد.

بخش دوم این کتاب شامل آثار و نتایج هماهنگی و همتایی عقل و نقل است که دارای 4 فصل می باشد. فصل اول با عنوان تعارض علم و دین، موضوعاتی چون فرضیه نه علم است و نه علمی، معنای حجیت علم، محدودیت قلمرو تجربه، تمایز تعارض با دین از محاربه با آن و نفی توازی علم و دین بررسی می کند.

فصل دوم این کتاب با عنوان اسلامی کردن علوم و دانشگاهها به راه حل اسلامی کردن دانشگاه می پردازد .
فصل سوم با عنوان تأثیر همگانی عقل و نقل در قلمرو علوم اسلامی به مسائلی چون تصحیح تبویب علم اصول، نسبت کلام و فلسفه با دین، قلمرو دین و مسئله خاتمیت می پردازد.
فصل چهارم از این بخش مسئله تفکیک را بررسی می کند که از مدعیات مکتب تفکیک، وحی ناب و خلوص فهم، اختلاف فهم در علوم نقلی، همگامی عقل و نقل ، تفسیر، تطبیق و تأویل تشکیل می شود.