«ماه خاتون» داستان زندگی دختر حاکم اصفهان در زمان صفویان است که به سبب بیماری در بستر بیماری افتاده است و طبیبان از درمان وی عاجز شده‌ اند.
طبیبی حاذق از کاشان که (در حقیقت یکی از علمای شیعه) است، بیماری او را درمان می‌ کند و این اتفاق، سبب برگزاری مناظره ‌هایی میان وی و عالمان متعصب اهل سنت اصفهان می ‌شود که این مناظره‌ ها برای ماه خاتون مانند نوری هدایت بخش و نجات ‌دهنده است.