هر روز زیارت عاشورا و هر روز نماز جعفر طیار از برنامه‌های عادی ایشان بود. روزهای پنج شنبه، طبق سنتی که علمای نجف دارند یک روضه هفتگی داشتند مقید بود که خود پای سماور بنشیند، و خود او همه کفش‌ها را جفت کند، و در عین حال زبانش مرتب در حال حرکت بود خیلی تند تند یک چیزی را می‌خواندند و فرمودند: «خوب است انسان روزی هزار مرتبه إنا أنزلنا بخواند.»

آیت‌الله مصباح یزدی: «روزی آقای بهجت فرمودند: مرحوم آقا شیخ محمد حسین طوری بود که اگر کسی به فعالیتهای علمی‌اش توجه می‌کرد تصور می‌کرد در شبانه روز هیچ کاری غیر از مطالعه و تحقیق ندارد، و اگر کسی از برنامه‌های عبادی ایشان اطلاع پیدا می‌کرد فکر می‌کرد غیر از عبادت به کاری نمی‌پردازد. ایشان سیزده سال در درس مرحوم آخوند خراسانی، صاحب کفایه شرکت می‌کردند در حالیکه درس استاد را پیشاپیش می‌توانستند حدس بزنند و بنویسند. در کنار این فعالیتهای علمی آن قدر مقید به برنامه‌های عبادتی بودند، که هر کس اینها را می‌دید فکر می‌کرد که اصلاً به هیچ چیز غیر از عبادت نمی‌رسد.